سرنوشت تاريخي آذربايجان شرقي و غربي و وجه تسميه نام آن ها بسيارشبيه هم است. آذربايجان را با توجه به پيشينه تاريخي كهن اش، در زبان هاي مختلف به نام هاي گوناگون كمابيش مشابهي ناميده اند. در فارسي ميانه «آتورپاتكان»، در آثار كهن فارسي«آذربادگان» يا «آذربايگان»، و در فارسي كنوني «آذربايجان» ناميده شده است. هم چنين در يوناني «آتروپاتنه»، در بيزانسي «آذربيگانون»، در ارمني «آتراپاتاكان»، در سرياني «آذربايغان» و در عربي «آذربيجان» گفته اند. تاريخ باستاني آذربايجان با تاريخ قوم «ماد» درآميخته است. قوم ماد پس از مهاجرت به ايران آرام آرام قسمت هاي غربي ايران از جمله آذربايجان را تصرف كرد. مقارن اين ايام دولت هايي در اطراف آذربايجان وجود داشت كه از آن جمله مي توان به دولت «آشور» در شمال بين النهرين، دولت «هيئتي» در آسياي صغير، دولت «اورارتو» در نواحي شمال و شمال غرب، اقوام «كادوسي» در شرق و «كاسي» ها در حوالي كوه هاي زاگرس اشاره كرد.
بعد از تاسيس دولت ماد، آذربايجان به ماد كوچك (درمقابل ماد بزرگ) معروف شد و مشتمل بر شهرهاي قديمي همدان، ري، اصفهان و كرمانشاه بود. به عبارت ديگر ولاياتي كه در قرون اوليه اسلامي به ناحيه جبال و بعدها به عراق عجم معروف بودند را در بر مي گرفت. بعد از حمله اسكندر مقدوني به ايران، سرداري به نام «آتورپات» در آذربايگان از اشغال آن توسط يونانيان ممانعت به عمل آورد. از آن به بعد اين سرزمين به نام آتورپاتكان معروف شد. آتورپات به پادشاهي رسيد و آن ناحيه را مستقل اعلام نمود. در طول دوره حكومت سلوكي ها، ناحيه آتورپاتكان هم چنان مستقل ماند و يونانيان و جانشينان اسكندر نتوانستند آداب و رسوم و تمدن يوناني را در آن محل اشاعه دهند. آذربايجان در اين زمان پناهگاه زردشتيان و تكيه گاه فرهنگ ايراني در مقابل فرهنگ يوناني شد. حكومت جانشينان آتورپات در آذربايجان در زمان اشكانيان نيز ادامه يافت و اين منطقه توانست كماكان استقلال خود را حفظ كند.
اردشير بابكان - مؤسس سلسله ساساني – با استيلا برحكم رانان آذربايجان اين منطقه را در زمره امپراتوري بزرگ ساساني در آورد. در دوره ساساني معمولاً يكي از مرزبانان را به حكومت آذربايجان مي گماردند. در اواخر آن دوره حكومت آذربايجان در دست خاندان «فرخ هرمزد» بوده پايتخت آن « شيز» يا «گنزب» نام داشت كه مطابق با ويرانه هاي ليلان در جنوب شرقي درياچه اروميه گزارش شده است.
پس از فتح آذربايجان به دست اعراب، قبايل عرب از بصره، كوفه، شام و يمن براي سكونت به آن جا روي آورده با خريد زمين هاي وسيع، كشاورزي را گسترش داده و افراد بومي را رعيت خود ساختند. امراي عرب براي حفظ زمين ها و احتمالاً رعاياي مسلمان خود، از حملات ديگر مردم آذربايجان كه به اسلام نگرويده بودند، باروهايي در اطراف املاك وسيع خود مي كشيدند كه به تدريج داخل اين باروها به صورت شهرهاي نسبتاً مهم درآمد.
در سال ۱٩٨ هـجري - قمري بابك خرم دين با استفاده از ضعف خلافت مركزي مأمون - خليفه عباسي كه درخراسان به سر مي برد - قيام كرده قسمت هاي مهمي از شمال شرقي آذربايجان را دراختيار گرفت. از اين پس، از سلطه دستگاه خلافت برآذربايجان تا حد زيادي كاسته شد. بقاياي قلعه بابك بر بلنداي كوهي در نزديكي كليبر واقع در آذربايجان شرقي هنوز باقي است.
سلسله هاي ايراني بعد از اسلام مانند طاهريان، صفاريان، سامانيان و غزنويان كه از شرق ايران برخاسته حكومت هاي مستقلي تشكيل دادند، هيچ گاه نتوانستند قلمرو خود را به آذربايجان برسانند. دراين مدت كه از سال 205 هجري قمري (تأسيس سلسله طاهريان) شروع و تا سال 429 هـ ق (آغاز حكومت سلجوقيان) ادامه مي يابد، حكومت هاي محلي متعددي قدرت را در آذربايجان به دست گرفتند. آخرين حكام مقتدر اين ايالت، ساجيان (317 ـ 276 هـ. ق) بودند كه آن ها نيز عاقبت بر ضد خلفا قيام كردند. پس از سقوط ساجيان، سلسله هاي محلي ديگري در آذربايجان به قدرت رسيدند كه از آن جمله مي توان از رواديان نام برد. در دوران حكومت ساجيان (بني ساج) و حكومت بعد از آن حكم رانان قسمت شمالي رود ارس به حكام آذربايجان خراج مي دادند كه از معروف ترين آنها شيروان شاهاي، خداوندان شكي، حكام گرجستان، رواديان و حكام ارمنستان بودند.
در آغاز قرن پنج هجري (يازدهم ميلادي) تركان «غز» به فرماندهي سلجوقيان، نخست با دسته هاي كوچك و سپس به تعداد بيش تر، راهي آذربايجان شده آن جا را به تصرف در آوردند. در 531 هجري (1136 ميلادي) آذربايجان به دست«اتابك ايلدگز» (الدگوز) افتاد كه تاحمله كم دوام جلال الدين خوارزم شاه (31 ـ 1225 م، 28 ـ 622 هـ. ق) وي و اولادش بر آذربايجان حكومت كردند. با حمله مغولان و ورودهلاكوخان ايلخان (1256 م، 654 هـ. ق)، آذربايجان مركز شاهنشاهي بزرگ وي شد كه از آموي تا شام امتداد داشت. با ضعف ايل خانان مغول، امراي مستقلي در آذربايجان قدرت يافتند كه از آن جمله مي توان به جلايريان، چوپانيان و تركمانان اشاره كرد.
پس از تصرف آذربايجان به دست شاه اسماعيل اول صفوي (1502 م، 907هـ. ق) اين سرزمين سنگر گاه اصلي و مركز عمده گرد آوري قواي نظامي براي شاهان صفوي شد. در زمان صفويه آذربايجان محل جنگ هاي خونين ميان سپاهيان ايران وعثماني بود. پس ازسقوط دولت صفويه، نادر شاه افشار با كوتاه كردن دست عثمانيان از آذربايجان و يك پارچه كردن ايران، در دشت مغان رسماً تاجگذاري كرد. كريم خان زند در سال 1175 هجري (1755 ميلادي) آذربايجان را از دست خان هاي محلي كه پس از مرگ نادر شاه قيام كرده بودند، باز پس گرفت. اما پس از مرگ او بار ديگر خوانين محلي سر برآوردند، تا اين كه آغا محمد خان قاجار در سال 1205 هجري(1785 ميلادي) موفق شد كه آذربايجان را مطيع حكومت مركزي كند. اين منطقه كه هم اكنون يكي از مناطق آباد و پررونق جمهوري اسلامي ايران است در سال 1316 به صورت استان مستقل درآمد كه در برگيرنده شهرها, دهستان ها و روستاهاي بسياري است.
